A lo largo de 75 años
En el torneo de la temporada 1942/43, finalizó en primer lugar empatado en puntos con Tipografía Nacional y Guatemala FC por lo que tuvo que disputar una triangular contra estos equipos en el que salió triunfador, consiguiendo su primer campeonato de liga. En el campeonato de 1947 volvió a conquistar el título de liga por cinco puntos de ventaja sobre el equipo de España. De 1948 a inicios de 1950 no hubo torneos oficiales, por la preparación de la Selección Nacional para los VI Juegos Deportivos que se celebraron en Guatemala, de febrero a marzo de 1950. En la década de 1950 el equipo volvió a conquistar otras 2 ligas, en 1951 y 1955. En el torneo de 1951 el club se coronó campeón por diferencia de 1 punto sobre el equipo de Comunicaciones. En la liga de 1955, estos dos clubes finalizaron empatados en el primer lugar con 25 puntos, teniendo que disputar una serie de «playoffs» entre ambos, siendo ganados por los rojos por marcador global de dos goles a uno.
Años 60
Durante 9 años el equipo no consiguió ganar el torneo de liga. A comienzos de la década de 1960, el club conseguía ganar su primer torneo de Copa de la mano de el guatemalteco Carlos «Pepino» Toledo. En el campeonato liguero de 1963/64 se contrató al técnico argentino Luis Grill Prieto, que logró llevar al equipo a disputar la final contra Xelajú MC terminando empatados en la cima de la tabla con 28 puntos. Teniendo que disputar dos juegos de desempate, en el primer partido realizado en el Estadio Mario Camposeco en Quetzaltenango, se impuso el equipo rojo por un gol a cero, y en el partido de vuelta quedaron empatados a un gol. De esta manera Municipal consiguió su quinto título de liga. En la temporada 1965/66 el equipo logró alzar el sexto campeonato de liga en su historia, disputando veintidós partidos, ganando siete y perdiendo solo uno. Dos años después lograba obtener su segundo título de Copa.En 1969 en la fase regular, el equipo quedo empatando en el liderato con Comunicaciones, luego en la hexagonal final obtiene su séptima liga, al ganar nueve de los diez juegos disputados en esta fase.
Años 70
Durante esta década se abrió un gran ciclo de éxitos para el club, en la cual logró ganar tres ligas y dos copas internacionales. En 1973,1974 y 1976 Municipal se consagró campeón de liga, siendo la primera vez que obtenía dos de manera consecutiva. Durante 1974 en el plano internacional el equipo conquista el Torneo Fraternidad Centroamericana y la Copa de Campeones de la Concacaf venciendo en la final a doble partido al Transvaal de Surinam, ganando ambos juegos por dos goles a uno. De esta manera obtuvo el derecho a jugar laCopa Interamericana contra el Independiente de Avellaneda, disputando ambos partidos en el Estadio Mateo Flores en Guatemala. En el primer partido obtuvo la victoria el club argentino por un gol a cero, con anotación de Ricardo Bochini, en el segundo partido se impuso el equipo de Municipal, por el mismo marcador, con un gol de Emilio Mitrovich, se jugaron los tiempos extras y luego se llegó a la definición por penales que fue ganada por el equipo de Avellaneda por cuatro goles a dos.
Años 80
En este decenio el conjunto rojo atravesó una crisis de títulos, la cual duró 11 años en los cuales el equipo no consiguió ganar un campeonato de ligas. Esta fase negativa llegó a su fin en 1987 con la obtención de su novena liga de la mano de Miguel Ángel Brindisi, Municipal alcanzó a ganar también las ligas de 1988 y 1989 consiguiendo así su primer Tri-campeonato de manera consecutiva.
Años 90
La década de los años 90 fue una época estable para el club en el ámbito nacional, en el cual consiguió ganar otras 2 ligas en 1991 y 1993, 3 Torneos de Copa, dos de manera consecutiva en 1995,1996 y otra en 1999 pero en el medio internacional el equipo llegó a otras dos finales de la Copa de Campeones de la Concacaf y a una más en el Torneo Grandes de Centroamérica, sin embargo todas estas fueron ganadas por el Saprissa de Costa Rica.
Años 2000
En el año 2000, se dejan de realizar los Torneo Largos para dar paso a un nuevo sistema de competición de liga llamado “Torneo Cortos”, dividiendosé de esta manera en Torneo Apertura y Clausura. En la final del Torneo Apertura, Comunicaciones y Municipal se enfrentaron en la primera final del nuevo formato, donde los primeros fueron campeones. En el de Clausura nuevamente se enfrentaron en la final a doble partido los mismos equipo. En el primer juego Municipal perdió dos goles a uno, pero en el siguiente, la victoria escarlata fue de dos goles a cero. Consiguiendo así su título número dieciséis bajo la dirección del entrenador argentino Horacio Cordero. En el Torneo Apertura 2000, los rojos vuelven a ser campeones de liga derrotando nuevamente en la final a Comunicaciones. A mitad de temporada del Torneo Apertura 2001 el técnico Horacio Cordero abandona el club para irse a dirigir al PAS Giannina de la primera división del fútbol griego. Por esta razón se contrata al entrenador paraguayo Ever Hugo Almeida. A pocos días de haberse hecho del cargo, el técnico Almeida tuvo su primer reto importante ya que debía disputar la cuadrangular final por el título de la Uncaf, el cual además otorgaba la clasificación para los cuartos de final de la Liga de Campeones de la CONCACAF. El equipo debutó con un empate 1-1 ante el anfitrión Saprissa de Costa Rica. En el segundo encuentro el equipo rojo le ganó por goleada a Comunicaciones por marcador de cuatro goles a cero. El tercer partido terminó con triunfo por dos goles a uno frente al Olimpia deHonduras. Este resultado y la combinación del marcador de 3-2 a favor de Saprissa contra Comunicaciones le dieron el título al equipo de Municipal por diferencia de goles. En el campeonato de Reordenamiento 2001, el equipo vuelve a llega a la final, esta vez enfrentándose al Coban Imperial, el primer partido se disputo en el Estadio José Ángel Rossi de la ciudad de Cobán. El marcador terminó 3-0 en favor del equipo local. Sin embargo en el partido de vuelva Municipal empató el marcador global a 3 goles y se apodero de el título en los penales por 4 goles a 2. En la final del Torneo Clausura 2002, el equipo consigue ganar su vigésimo título de liga, nuevamente ante su rival Comunicaciones. Luego de 3 títulos conseguidos, se destituye a Ever Hugo Almeida como técnico rojo.
Luego se fichá al argentino Enzo Trossero como nuevo director técnico. Y de la mano de este el equipo consigue un récord de 5 torneos consecutivos y una Copa Uncaf en 2004, siendo el único equipo en alcanzar estos títulos. En 2007 el técnico Enzo Trossero renuncia a su cargo y le sustituye otro argentino, Jorge Benítez. Pero los malos resultados y la deteriorada relación con la afición, terminó con la renuncia de Benítez a la mitad del siguiente torneo. Luego de la renuncia, se dio el regreso de Horacio Cordero, que consigue el título número 26 en la historia de la institución deportiva. Con ello Horacio Cordero lograba su cuarto título con Municipal (1993-1994, Clausura 2000, Apertura 2000 y Clausura 2008).
Actualidad
Luego de un año sin ganar ningún torneo, la entidad contrató al entrenador argentino Jorge Habegger, que logra llevar al equipo a otra final del campeonato, contra Comunicaciones, los rojos se impusieron por un gol a cero en el partido de ida y empataron sin anotaciones en el encuentro de vuelta, coronándose nuevamente como campeones. En el siguiente torneo el equipo comienza de manera negativa la defensa de su título, llegándose a ubicar en la novena posición de la tabla. Por esta razón renuncia Habbeger y la directativa contrata al uruguayo Manuel Keosseian. Con el nuevo técnico, el equipo endereza su rumbo y consigue clasificarse dentro de los 6 primeros equipos, para la disputa por el título. Municipal consiguió su vigésimo octavo título de liga derrotando en la final a doble partido al equipo Xelajú MC, por un marcador global de siete goles a uno, ganando el primer partido por tres goles a uno y el segundo por un contundente cuatro a cero. Luego de obtener el título, el 6 de mayo de 2010 Keosseián renuncia a la dirección técnica para convertirse en entrenador del Peñarol de Uruguay. Para terminar de afrontar el torneo se contrata al portugués Guilherme Farinha, que actualmente dirige al conjunto en el torneo Apertura 2010 y continuará en el Clausura 2011. En el Torneo Apertura 2010, Municipal disputó una nueva final a doble partido contra Comunicaciones, en ambos encuentros terminó empatado el marcador, en el juego de ida a un gol, y en el de vuelta a dos goles. En la tanda de penales Municipal perdió por cuatro a tres. Nuevamente en la final del Torneo Clausura 2011 se vuelven a enfrentar contra Comunicaciones pero esta vez es derrotado en ambos partidos por marcador de tres goles a cero. El 18 de diciembre de 2011 se proclamó campeón en el Torneo Apertura llegando así a 29 torneos de liga, ganándole al Comunicaciones por marcador global de 4-0.